Η Μίλητος βρίσκεται στη θέση που παλαιότερα κατείχε το χωριό Balat, το
οποίο καταστράφηκε από σεισμό το 1955. Τα ευρήματα των ανασκαφών
ενισχύουν την παράδοση για κρητική παρουσία στην περιοχή (περίπου 16ος
αιώνας π.Χ.). Τη μινωική εγκατάσταση τη διαδέχτηκε, σχεδόν χωρίς
διακοπή, ο μυκηναϊκός οικισμός, ενώ η επανίδρυση της Μιλήτου από Ίωνες
αποίκους τοποθετείται γύρω στο 1050 π.Χ.
Στην αρχαϊκή περίοδο, η Μίλητος υπήρξε το θέατρο των
σημαντικότερων επιστημονικών ανακαλύψεων. Στις αρχές του 6ου αι. π.Χ. οι
Μιλήσιοι Θαλής, Αναξίμανδρος και Αναξιμένης, αναζητώντας τα πρωταρχικά
στοιχεία του κόσμου, έθεσαν τις βάσεις για την ανάπτυξη μιας
επιστημονικής, αιτιοκρατικής ερμηνείας, απαλλαγμένης από τις μυθικές
γενεαλογίες.
Στα Κλασικά χρόνια, μετά την
καταστροφή της πόλης από τους Πέρσες το 494 π.Χ., η Μίλητος συνέχισε
πιθανόν να κατοικείται σε αρκετά περιορισμένη κλίμακα. Η επανίδρυση της
πόλης όμως έγινε το 479 π.Χ. Ακολουθήθηκε το ιπποδάμειο σύστημα, που
πήρε το όνομά του από τον Ιππόδαμο, ο οποίος ήταν από τη Μίλητο και
θεωρείται ο θεμελιωτής της πολεοδομίας της κλασικής πόλης.
Βέβαια, τόσο η αρχαϊκή όσο και η
κλασική πόλη έχουν κατά μεγάλο μέρος σκεπαστεί από τα εντυπωσιακά
ελληνιστικά μνημεία. Η Μίλητος παρέμεινε σημαντικό αστικό και εμπορικό
κέντρο της Ιωνίας με τρία λιμάνια: το Λιμάνι της Αθηνάς, του Θεάτρου και
των Λεόντων. Στα Ελληνιστικά χρόνια, τα σημαντικότερα οικοδομήματα που
χτίστηκαν ήταν το Γυμνάσιο του Ευμένη Β΄ και το Γυμνάσιο του Ευδήμου, το
Θέατρο, το Στάδιο, το Βουλευτήριο και η Νότια Αγορά.
